Задача A. Итоговый тест по всем задачам ≡

Автор:	Бойко А.В.		Ограничение времени:	1 сек
Максимальный балл:	15		Ограничение памяти:	256 Мб

Условие

Ответьте на следующие вопросы. По умолчанию один ответ.

Вопрос 1

Переменная в Python это:

1 "wtf" for For

Вопрос 2

Исторически два первых метода секвенирования НК.

Пиросеквенирование Метод Сенгера или метод обрыва цепи Нанопоровое секвенирование Химическое секвенирование

Вопрос 3

Какая цифра указывает на локальное выравнивание?

I II III

Вопрос 4

Отражают ли матрицы замен BLOSUM эволюцию белков?

Да Нет Вообще все матрицы аминокислотных замен отражают эволюцию белков

Вопрос 5

Составьте регулярное выражение (строку), описывающее сразу все последовательности ATCGGA, ATCCGA, AACGGA. Например для последовательностей AAGC и AACC, таковым будет AA[C,G]C. То есть замены указываются в квадратных скобках через запятую, в алфавитном порядке.

Вопрос 6

Для распознавания чего используют скрытые модели Маркова на текущий день? Отметьте все правильные применения.

Белковых доменов генов в ДНК CpG островков в ДНК Множественное выравнивание

Вопрос 7

Вторичные структуры РНК (имеются в виду только участки, образующие водородные связи) с точки зрения грамматики и с учетом комплементарности относятся к:

Языку повторов Регулярному языку Языку палиндромов

Вопрос 8

Наиболее многообещающий в плане точности подход к моделированию третичных структур белков использует:

Физические принципы (энергия Гиббса) Сравнительное моделирование по гомологии Нейросети

Вопрос 9

Основной минус секвенирования второго поколения (Illumina,Ion Torrent):

Дороговизна в пересчете на нуклеотид Сложность подготовки библиотеки Малая длина прочтений Низкое качество (большая вероятность ошибки) прочтений

Вопрос 10

Зачем нужна проверка сырых данных секвенирования второго поколения, если их точность на текущий день высока?

Так принято Чтобы определить порог качества прочтений, ниже которого затем будете их удалять Общая проверка качества секвенирования, в частности на наличие артефактов, вызванных неоднородностью ячейки для секвенирования, например из-за пузырей или пыли

Вопрос 11

Основная проблема сборки (данные второго поколения) с использованием алгоритма OLC:

Требует много вычислительных ресурсов Низкая точность сборки

Вопрос 12

Какой подход к сборке с использованием секвенирования второго поколения на данный момент превалирует:

на основе OLC алгоритма на основе графов де Брюйна

Вопрос 13

Основной минус UPGMA и NJ методов реконструкции деревьев:

Требовательны к ресурсам (долгие) Подходят не для всех типов последовательностей Не используют модели эволюции, то есть частоты замен, трансверсий, транзиций, нуклеотидов, уровень гетерогенности

Вопрос 14

Основная проблема оценки экспрессии генов по данным секвенирования второго поколения:

Дороговизна в пересчете на ген Низкая точность От выбора способа нормализации и подхода к оценке дифференциальной экспрессии результаты могут значительно варьироваться

Вопрос 15

В чем основной минус относительной формы (в виде кратности) представления экспрессии генов по результатам RNA-seq?

Нет никаких проблем, лучше чем абсолютная форма (TPM, FPKM) Относительная оценка может показывать сильное изменение экспрессии, хотя на деле в обоих образцах транскрипт представлен парой молекул Сложность расчета относительной оценки экспрессии

Формат выходных данных

Для решения данного задания необходимо правильно выбрать варианты ответа, либо ввести свой ответ, если этого требует задание.

---