Дано N строк, где последняя является нуклеотидной последовательностью длины L с CpG островками, а остальные содержат начальные и переходные вероятности для HMM. Эмиссионные вероятности считать равными log(10 − 30) или log(1) в зависимости от соответствия состояния наблюдаемому нуклеотиду. Требуется написать программу, находящую координаты CpG островков в соответствии с заданной HMM с помощью алгоритма Витерби.
Формат входного файла
Во входном файле содержатся N строк, где последняя содержит нуклеотидную последовательность длиной L с CpG островками, а остальные N − 1 строк содержат начальные и переходные вероятности.
Вероятности выражены через натуральный логарифм и имеют формат stateprobability для начальных вероятностей и state1state2probability для переходных вероятностей, где state ∈ {A − , C − , G − , T − , A + , C + , G + , T + }.
Формат выходных данных
Выходной файл должен содержать координаты CpG островков, за начало отчета принять 1. Значения координат соответствуют первому и последнему символу островка.
